26.10.2008, 14.00 Bayern München II - SpVgg Unterhaching 29.10.2008, 19.00 SV Sandhausen - Bayern München II (zeitgleich profis in frankfurt) 02.11.2008, 14.00 Bayern München II - SSV Jahn Regensburg 09.11.2008, 14.00 Erzgebirge Aue - Bayern München II (zeitgleich profis auf schalke) 15.11.2008, 14.00 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt (zeitgleich profis in gladbach) 22.11.2008, 14.00 Kickers Emden - Bayern München II (zeitgleich profis zu hause vs. cottbus) 30.11.2008, 14.00 Wacker Burghausen - Bayern München II 06.12.2008, 14.00 Bayern München II - VfB Stuttgart II 12.12.2008, 19.00 Kickers Offenbach - Bayern München II 20.12.2008, 14.00 1. FC Union Berlin - Bayern München II
8.Spieltag 02.11.2008 11:00 HSV Bor. Friedenstal - FC Bayern München Ludwig-Jahn-Stadion 9.Spieltag 22.10.2008 17:30 FC Bayern München - Hamburger SV 2:1 (1:0) Sportpark Aschheim 10.Spieltag 15.02.2009 11:00 FCR 2001 Duisburg - FC Bayern München PCC-Stadion 11.Spieltag 07.12.2008 14:00 FC Bayern München - TSV Crailsheim Sportpark Aschheim 12.Spieltag 14.12.2008 11:00 FC Bayern München - Turbine Potsdam Sportpark Aschheim 13.Spieltag 21.02.2009 16:00 SG Essen-Schönebeck - FC Bayern München Bezirkssportanlage Am Hallo 14.Spieltag 01.03.2009 11:00 FC Bayern München - SC 07 Bad Neuenahr Sportpark Aschheim 15.Spieltag 15.03.2009 11:00 1.FFC Frankfurt - FC Bayern München Stadion am Brentanobad, Nebenplatz 16.Spieltag 22.03.2009 11:00 FC Bayern München - VfL Wolfsburg Sportpark Aschheim 17.Spieltag 29.03.2009 11:00 FF USV Jena - FC Bayern München USV-Sportzentrum 18.Spieltag 18.04.2009 16:00 SC Freiburg - FC Bayern München Möslestadion 19.Spieltag 03.05.2009 11:00 FC Bayern München - HSV Bor. Friedenstal Sportpark Aschheim 20.Spieltag 10.05.2009 14:00 Hamburger SV - FC Bayern München Wolfgang-Meyer-Stadion 21.Spieltag 17.05.2009 14:00 FC Bayern München - FCR 2001 Duisburg Sportpark Aschheim 22.Spieltag 24.05.2009 14:00 TSV Crailsheim - FC Bayern München Schönebürgstadion